色譜儀分離方法選擇的首要依據是樣品的相對分子質量、溶解度和化學構造等。
一、相對分子質量
相對分子質量小于200的化合物，揮發性比較好，加熱又不易分化的樣品，可用氣相色譜儀剖析。相對分子質量在200～2000的化合物，可用液-液分配色譜儀、液-固吸附色譜儀和離子交換色譜儀剖析。相對分子質量大于2000的化合物，可用凝膠色譜儀剖析。
二、溶解度
水溶性樣品用離子交換色譜儀和液-液分配色譜儀剖析。微溶于水，但用酸或堿能很好電離的化合物，可用離子交換色譜儀剖析。油溶性和非極性的樣品，可用液固吸附色譜儀剖析。
三、化學構造
樣品中含有離子型或可離子化的化合物，或者能與離子型化合物相互作用的化合物（如配位體和有機螯合劑），可首要考慮用離子交換色譜儀剖析，但液-液分配色譜儀和凝膠色譜儀也能剖析。具有不同官能團的化合物、同系物，可用液-液分配色譜儀剖析。異構體可用液固吸附色譜儀剖析。高分子聚合物可用凝膠色譜儀剖析。
