國產液相色譜儀使用HPLC級或相當于該級別的流動相，并要先經0.45μm薄膜過濾。過濾后的流動相經過充分脫氣，以除去其中溶解的氣體（如O2），如不脫氣易產生氣泡，增加基線噪聲，造成靈敏度下降，甚至無法分析。
 
國產液相色譜儀幾中脫氣方法比較：
 
1. 氦氣脫氣法：利用液體中氦氣的溶解度比空氣低，連續吹氦脫氣，效果較好，但成本高。
 
2. 加熱回流法：效果較好，但操作復雜，且有毒性揮發污染。
 
3. 抽真空脫氣法：易抽走有機相
 
4. 超聲脫氣法：一種較為常見的脫氣法。流動相放在超聲波容器中，用超聲波震蕩10～15分鐘，此法效果并不是太好，但操作簡單。
 
如果管路中使用peek樹脂部件，請不要使用下列流動相：
 
濃硫酸、濃硝酸、二氯乙酸、丙酮、四氫呋喃、二氯甲烷、氯仿和二甲基亞砜
 
特別注意
 
含有緩沖鹽溶液的流動相的清洗方法：
 
1． 先用10︰90的甲醇/水沖洗，以洗去緩沖鹽，清洗時間至少為一小時。
 
2． 再用70︰30的甲醇/水沖洗系統，清洗時間至少為40分鐘。
 
3． 將系統保存在純甲醇中。
 
國產液相色譜儀流動相的更換
 
在分析過程中，有時需要更換流動相進行分析。一定要注意前一種使用的流動相和所更換的流動相是不是能夠相溶。如果前一種使用的流動相和所更換的流動相不能夠相溶，那您就要特別注意了。要采用一種與這二種需更換的流動相都能夠相溶的流動相進行過渡、清洗。較為常用的過渡流動相為異丙醇，但實際操作中要看具體情況而定，原則就是采用與這二種需更換的流動相都能夠相溶的流動相。一般清洗的時間為30～40分鐘，直至系統完全穩定。
 
如不進行以上“特別注意”上述步驟的操作，將會導致系統管路堵塞。嚴重時將引起流通池污染堵塞，不得不更換流通池。用戶就要承擔不必要的損失了。
 
國產液相色譜儀儲液器的注意事項
 
保持流動相儲液器的清潔是保證液相色譜儀正常使用的關鍵。要使用HPLC級的溶劑，對試劑含有緩沖鹽及非HPLC級的流動相一定要用0.45μm過濾器除去其中的微粒物質。