棒狀薄層色譜儀目前國際上已廣泛用于石油化工、石油地質、煤炭化學、精細化工、醫藥衛生及環境化學等方面。該儀器具有操作簡便、分析速度快、分析周期短、分析數據準確等特點。該儀器主要是對氣相色譜不易分離，液相色譜難以分析的有機化合物進行分析檢測，尤其是對大分子化合物的族組成進行分析的唯一行之有效的手段。棒狀薄層色譜是進行有機質的族組分和大分子化合物含量分析的新型工具，它的產生彌補了以往氣相、液相和板薄層等色譜在有機含量分析的不足。
棒狀薄層色譜儀的基本構成原理，是將以往的板薄層變成棒薄層，即將單體按一定厚度涂在圓柱體表面上，形成薄層棒作為組份分離工具，與氣相色譜常用的氫火焰離子化檢測技術相組合。分析原理是將常溫下不揮發，在火焰中燃燒可溶性的有機樣品，用溶劑稀釋后點到涂有硅膠氧化鋁吸附的薄層棒上，除去溶劑后放入相應的展開槽中，在一定的飽和蒸氣壓的環境條件下進行展開分離。經過樣品展開后的薄層棒按順序進入到氫火焰檢測器中，選擇一定的掃描速度，進行燃燒離化后得到對應的組份離子流圖(色譜圖)。由于有機樣品點到薄層棒上的位置不同，需要氫火焰檢測器能對薄層棒進行全方位定點掃描檢測。
薄層色譜法是快速分離和定性分析少量物質的一種很重要的實驗技術，常用于進行藥品的鑒別，雜質檢查或含量測定。在使用時，會將適宜的固定相涂布于玻璃板上，成一均勻薄層，等點樣、展開后，與適宜的對照物按同法所得的色譜圖作對比。
棒狀薄層色譜法操作方法：
1. 薄層板制備：將1份固定相和3份水在研缽中向一方向研磨混合，去除表面的泡后，倒入涂布器中，在玻璃板上平穩地移動涂布器進行涂布(厚度為0.2—0.3mm)，取下涂好薄層的玻璃板，置水平臺上于室溫下晾干，后在110℃烘30分鐘。即置有干燥劑的干燥箱中備用。使用前檢查其均勻度。
2. 點樣：用點樣器點樣于薄層板上，一般為圓點，點樣基線距底邊2.0cm，點樣直徑為2——4mm，點間距離約為1.5—2.0cm。點間距離可視斑點擴散情況以不影響檢出為宜，點樣時必須注意勿損傷薄層表面。
3. 展開：展開室如需預先用展開劑飽和，可在室中加入足夠量的展開劑，并在壁上貼二條與室一樣高、寬的濾紙條，一端浸入展開劑中，密封室頂的蓋，使系統平衡或按正文規定操作。將點好樣品的薄層板放入展開室的展開劑中，浸入展開劑的深度為距薄層板底邊0.5—1.0cm，密封室蓋。
4. 檢測：等展開至規定距離，取出薄層板，晾干，按各品種項下的規定檢測，如需用薄層掃描儀對色譜斑點作掃描檢出，或直接在薄層上對色譜斑點作掃描定量，則可用薄層掃描法。薄層掃描的方法，除另有規定外，可根據各種薄層掃描儀的結構特點及使用說明，結合具體情況，選擇吸收法或熒光法，用雙波長或單波長掃描。由于影響薄層掃描結果的因素很多，故應在保證供試品的斑點在一定濃度范圍內呈線性的情況下，將供試品與對照品在同一塊薄層上展開后掃描，進行比較并計算定量，以減少誤差。
棒狀薄層色譜法操作注意事項：
1. 所用玻璃板應洗凈不掛水珠，光滑平整。
2. 鋪板要均勻，厚度適宜，并于室溫下晾干后在110℃活化30分鐘，置于有干燥劑的干燥箱或干燥器中備用。
3. 點樣點一般為圓點，不能太大。
