液相色譜儀色譜峰保留時間不重現可能由多種因素引起，通常還會影響到峰面積的重現性，建議檢查以下幾個方面：
1、確認流動相是新鮮配制的，比例沒有錯誤。比如一些揮發性的溶液，如乙酸，最好及時更換。
2、確認液相色譜條件在色譜柱使用范圍之內，如 pH 范圍、溫度、壓力。
3、仔細觀察柱前壓的變化，如果壓力穩定，就可以判斷泵的系統沒有問題；如果是壓力不穩定，一定會影響保留時間，這種狀況通常是由于泵頭里有氣泡造成的。請將流動相仔細脫氣，并排出泵內氣泡。
4、觀察色譜峰形、柱效變化情況，確認色譜柱是否被污染，如果確定色譜柱污染，可嘗試使用適當溶劑沖洗。
5、如果同時伴有色譜柱柱壓升高，解決方法請參見“液相色譜柱柱壓升高”部份。
6、如果使用梯度洗脫方法，請確認平衡時間足夠長。流動相中使用離子對試劑（烷基磺酸鈉等）或固定相為正相硅膠等，往往需要更長的平衡時間。
7、確認樣品是否過載，減少進樣量（進原進樣量的 10%確認）。
8、組分在液相色譜柱中保留不夠。調整色譜條件，使樣品在柱上適當保留。
