系統污染、惰性下降
氣相色譜儀系統惰性不好對活性組分峰形及響應的影響尤為明顯。建議選用惰性優異的低流失色譜柱和色譜耗件，如去活的襯管。如果系統已經被污染，應及時對進樣口和檢測器進行維護。
恢復被污染色譜柱的方法主要有：
將進樣口端截去 0.5~1 米，根據樣品來源做進一步的判斷，如果是半揮發污染物，還可以進一步考慮對色譜柱進行老化。污染嚴重時可截去更長或用溶劑徹底清洗色譜柱（必需是交聯鍵合固定相）
色譜柱安裝不正確或系統其他部位存在死體積
毛細管柱在進樣口和檢測器的安裝位置不當將影響峰形，請嚴格按照氣相色譜儀的使用說明正確安裝色譜柱。其他與毛細管柱相連接的部位也應注意降低死體積。
系統漏氣
需定期檢查系統氣密性、更換進樣口備件。使用非純石墨密封圈時，注意安裝后的幾次溫度升降之后追加一次擰緊。
方法條件不佳
對于低揮發性樣品，需注意提高進樣口和/或檢測器、色譜柱、傳輸管線等處的溫度，防止冷凝現象。
有些樣品在某些檢測器的響應確實不高（甚至沒有響應），如果樣品不出峰，又沒有參考響應值，應加大進樣量確認出峰位置，并利用標樣考查樣品的響應值。
其他可能導致峰拖尾的原因
不分流模式下，分流放空閥開啟過晚（通常應在 0.5~1.0 分鐘之間）
手動進樣速度過慢
檢測器尾吹氣流量不足
色譜柱樣品過載
組分共流出
