在白酒分析氣相色譜儀實際分析過程中，每一個步驟都可能出現誤差，包括樣品采集、樣品制備、進樣、色譜分離、檢測、峰面積或峰高測定等，從而影響到最終的分析結果。應限度地減小各種分析誤差。色譜分析誤差除受色譜儀和色譜柱本身的特性決定之外，還受各種操作條件、溫度設置、載氣流量及其他外界因素 的影響。
 
1、載氣氣體的影響
 
載氣中的水分能對色譜柱特別是毛細管柱造成較大損害，氫氣、氧氣中的水分及烴類等雜質易引起基流增大，噪聲增大，降低靈敏度。一般使用分子篩、硅膠、活性炭等作干燥凈化劑。
 
2、汽化室的硅橡膠墊的影響
 
橡膠墊使用一段時間后，容易漏氣，特別是在開機、起始，更容易產生漏氣現象，一旦出現色譜峰異?；蚍甯咄蝗唤档?，應檢查漏氣。
 
3、氫氣流速的影響
 
每一載氣流速下都有一蕞佳氫氣流速，而低于或高于蕞佳氫氣流速，都會使峰高降低，影響氫焰離子化檢測器的靈敏度，導致誤差升高。
 
4、進樣量的影響
 
白酒分析氣相色譜儀一般采用微量注射器定量體積進樣，每次進樣前，應將進樣器用被測樣品抽洗至少次并排掉氣泡，保證所進樣品濃度不發生變化。抽取樣品時，應嚴格控制液面讀數，以眼睛與液面刻度平視為準，進樣器尖端附著液滴用濾紙吸凈。
 
5、白酒分析氣相色譜儀點火條件的影響
 
為防止冷凝，影響氫焰離子化檢測器的靈敏度，在檢測器點火前，應保證其溫度在100℃以上。接通氫氣后，應及時點火，防止氫氣大量積聚檢測室后發生爆鳴現象。
 
6、校正因子的影響
 
為了保證分析結果的準確性，色譜儀經加熱穩定之后，在采用外標法或內標法進行分析之前，應首先準確分析標準樣，以求校正因子。
 
7、進樣技術的影響
 
汽化室溫度一般比柱溫高幾十度，以保證所有組分瞬間汽化。試樣進入色譜柱后僅占柱端的一小段，即以“塞子”的形式通過色譜柱，如果進樣速度太慢，試樣起始寬 度增加，出峰時導致色譜峰嚴重擴張，反之，如果進樣速度太快，導致色譜峰過窄，都會影響相鄰組分峰的分離。一般要求進樣在1s內完成。
 
8、白酒分析氣相色譜儀靈敏度的影響
 
保證各組分在色譜圖上都有一個適當的峰高，便于觀察色譜峰是否正常，必要時，可以根據峰高適當調整靈敏度。
 
9、色譜柱的影響
 
長期使用的色譜柱，容易產生高沸點組分在色譜柱內的殘留，導致檢測器噪聲變大，這時可對色譜柱進行適當的老化：通以載氣，在高于使用柱溫20℃但要低于使用溫度條件下保持恒溫適當的時間，以使殘留高沸點組分流出。
 
10、標準樣及內標物的正確配制和使用
 
色譜分析用標準樣及內標物要嚴格按程序配制，確保含量的準確性，使用時嚴格控制容量。配制的標準樣及內標物應在低溫環境下保存，經過一定時期后，應重新配 制，防止因揮發造成微量成分含量的變化。
 
為降低白酒分析氣相色譜儀分析誤差，提高色譜分析數據的準確性，除保證白酒分析氣相色譜儀的穩定性和合理選用色譜柱之 外，還要根據分析需要選擇合適的定量分析方法，并嚴格操作，控制各種人為因素及外界因素的影響。