液相色譜儀流動相暴露于實驗室環境時，溶劑與大氣氣體平衡。在混合溶劑時，空氣的溶解度低于純溶劑的相同比例，并且過量的空氣會趨于鼓泡，可能會形成氣泡。氣泡會增加基線的噪音，造成靈敏度下降，甚至無法分析（噪聲增大，基線不穩，突然跳動）。溶解的氧氣還會導致樣品中某些組份被氧化，柱中固定相（如烷基胺）發生反應，降解而改變柱的分離性能。溶解氧能與某些溶劑（如甲醇、四氫呋喃）形成有紫外吸收的絡合物，此絡合物會提高背景吸收（特別是在260nm以下），并導致檢測靈敏度的輕微降低，會在梯度淋洗時造成基線漂移或形成鬼峰（假峰）。若用FLD（熒光檢測器），溶解氧在一定條件下還會引起淬滅現象，特別是對芳香烴、脂肪醛、酮等。在某些情況下，熒光響應可降低達95%。
 
液相色譜儀流動相脫氣的作用

除去其中溶解的氣體（如O2），以防止在洗脫過程中當流動相由色譜柱流至檢測器時，因壓力降低而產生氣泡。排出氣泡能減少泵工作的傷害，提高UV檢測器的性能高，改善靈敏度。


液相色譜儀流動相脫氣的方式

加熱回流法：效果較好，但操作復雜，且有毒性揮發污染，同時需要考慮低沸點溶劑揮發造成的組成變化。

抽真空脫氣法：易抽走有機相。
超聲脫氣法：流動相放在超聲波容器中（一般500ml溶液需超聲20~30min），此法不影響溶劑組成。超聲時應注意避免溶劑瓶與超聲槽底部或壁接觸，以免玻璃瓶破裂，容器內液面不要高出水面太多。
氦氣脫氣法：在色譜操作前和進行時，將惰性氣體噴入溶劑中。嚴格來說，此方法不能將溶劑脫氣，它只是用一種低溶解度的惰性氣體（通常是氦）將空氣替換出來。主要利用液體中氦氣的溶解度比空氣低，連續吹氦脫氣，效果較好，但成本高。
在線真空脫氣法：利用在線脫氣機在線脫氣，智能控制，無需額外操作，成本低，脫氣效果明顯優于以上幾種方法，并適用于多元溶劑體系。