氣相色譜儀色譜峰之間怎樣才算達到完全分離？首先是兩個色譜峰的峰間距必須相差足夠大，若兩峰間僅有一定距離，而每一個峰卻很寬，致使彼此重疊，則兩組分仍無法完全分離；第二是峰寬必須窄；只有同時滿足這兩個條件時，兩組分才能完全分離。
判斷相鄰兩組分在色譜柱中的分離情況，常用分離度R作為色譜柱的分離效能指標。R定義為相鄰兩組分色譜峰保留值之差與兩個色譜峰峰底寬度總和之半的比值。R值越大，意味著相鄰兩組分分離得越好。
因此，分離度R是柱效能、選擇性影響因素的總和，可用其作為色譜柱的總分離效能指標。從理論上可以證明，若峰形對稱且滿足于正態分布，當R<>時，兩峰有明顯的重疊；R=1時，分離程度可達95%，；當R=1.5時，分離程度可達99.7%，因而可用R=1.5來作為相鄰兩峰已完全分離的標志。
氣相色譜儀多個化合物色譜峰重疊時，如何提高分離度，使其完全分開？
原因
當多個化合物出峰重疊時，可采用減小載氣流速、降低柱溫或升溫速率、減小進樣量、提高氣化室溫度等措施來提高分離度；當改變柱溫和載氣流速也達不到分離目的時，就應更換更長的色譜柱，或更換不同固定相的色譜柱，在氣相分析中，色譜柱是分離成敗的關鍵?；衔锍龇逯丿B的主要原因有：
①載氣流速過快；
②色譜柱溫度過高；
③進樣量過大；
④氣化室溫度偏低；
⑤進樣時未選擇合適的分流比分流；
⑥色譜柱長不夠，導致分離度不夠；
⑦色譜柱型號選用不對。
解決方案
①氣相色譜儀載氣類型和流速的選擇
首先要根據考慮氣相色譜儀使用的檢測器類型選擇合適載氣。熱導池檢測器TCD常選用氫或氦氣作載氣，能提高靈敏度，氫載氣還能延長熱敏元件鎢絲的壽命；氫火焰檢測器FID用氮氣作載氣，也可用氫氣；電子捕獲檢測器ECD常用氮氣；火焰光度檢測器FPD常用氮氣和氫氣。
載氣成分越輕、純度越高，越有利于提高分離度。當然，現在的儀器都是固定采用某一種載氣，一般不常更換載氣種類。
載氣流速對柱效率和分析速度都會產生影響。根據范氏方程，載氣流速快，能加快分析速度，減少分子擴散，縮短分析時間，但同時可能降低分離度；載氣流速慢有利于傳質，一般可提高分離度，同時也可能會造成峰展寬而降低分離度。所以當多個化合物峰重疊時，應選擇合適的載氣流速。根據范氏方程，一定的色譜柱對一定的化合物有一個蕞蕞佳流速點，這時候柱效蕞高，分離能力蕞好，但是人們常用“實用蕞佳流速”即合適的載氣流速。
②氣相色譜儀柱溫的選擇
柱溫直接影響分離效能和分析速度。柱溫低有利于分配，有利于組分分離，但溫度過低會造成被測組分在柱上冷凝或傳質阻力增加，使色譜峰擴張甚至拖尾；柱溫高有利于傳質，但會使分配系數變小，不利于分離。對沸點范圍寬、組成復雜的混合物應利用色譜柱的程序升溫技術，獲得蕞高分離度、蕞短分析時間的蕞最佳分析結果。
③氣相色譜儀色譜柱的選擇
色譜柱的選擇是整個色譜分析條件優化過程中蕞重要的一環。色譜柱選擇是否恰當直接決定了分析結果的準確性、數據的重現性、峰形的美觀等。
毛細管色譜柱參數主要包括：固定液極性、柱長、內徑、膜厚等四方面。選擇色譜柱應根據“相似相溶”原理，分析非極性物質用非極性色譜柱，極性物質用極性色譜柱。根據固定液極性強弱可以分非極性柱（DB-1或等同的其它品牌）、弱極性柱（DB-5等）、中等極性柱（DB-17等）、強極性柱（DB-WAX等）。
色譜柱中固定液用量對分離起決定作用。一般來說，載體表面積越大，固定液用量可以越高，允許的進樣量也就越多。為了改善液相傳質，應使液膜薄一些，固定液液膜薄，柱效能提高，可縮短分析時間；但是膜厚是一個選擇空間比較大的參數，膜厚越厚，對分析物的保留會增加，保留時間增大，有助于分離；但是由于傳質阻力的增加，柱效又會降低。因此，如果分析保留弱的物質(如一些小分子)，可考慮試試厚液膜的柱子，反之則選擇薄液膜的色譜柱。
對填充柱來說，要求載體表面積大，表面孔徑分布均勻。固定液涂在載體表面上成為均勻薄膜，液相傳質就快，柱效就可提高；載體粒度均勻、細小，也有利于柱效提高；但粒度過小，柱壓增大，對操作不利。柱長對分離的影響也很明顯。通常色譜柱越長，理論塔板數越大，分理效果越好，但是保留時間增加也很明顯。對于特別難分離的物質，一般應選用長柱。內徑對柱容量和柱效亦有較大影響，內徑越小，柱容量會下降，但柱效會變高。
④進樣時間和進樣量
手動進樣時速度必須快，一般應在1s之內。進樣時間過長，會造成峰展寬、前伸或拖尾變形。進樣量一般液體0.1-5μL，氣體0.1-10mL。進樣太多，會使色譜峰展寬，造成前伸、拖尾或重疊而分離不好。
⑤氣相色譜儀氣化室溫度的選擇
合適的氣化室溫度既能保證樣品組分瞬間完全氣化，又不引起樣品分解。氣化室溫度一般比柱溫高30-70℃或比樣品組分中最高沸點高30-50℃。在保證不發生熱分解時，適當提高氣化溫度對分離及定量均有利。
