氣相色譜儀石英毛細管色譜柱中有5種內徑較為常用。每種都有其特定的應用領域和適合的使用范圍。理論上，柱效率與半徑平方成反比，半徑越小分離效果越好，可是半徑越小，色譜柱的使用困難越多，如要求儀器的靈敏度高、時間常數小、死體積小以及柱前壓大等。而柱內徑大則處理量大，但柱內徑過大，將導致柱內徑不能均勻的分布在色譜柱中。通常使用的毛細管柱內徑可分為：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm
0.53mm內徑毛細管柱。0.53mm內徑的色譜柱樣品容量很大，可與填充柱相比，進樣理想方式是直接在高載氣流速下注入，從而減少連接體系的死體積，減少色譜峰的拖尾。0.53mm內徑柱還可以配合特殊進樣口裝置，如：柱上進樣或冷柱頭進樣裝置，使用0.47mm外徑針頭的微量注射器進行柱頭或冷柱頭進樣。
0.53mm內徑柱的毛細管柱相當于由填充柱到毛細管柱的簡單升級，可以自己動手對連接接頭進行改造。相對簡單的樣品在分析時可得到比填充柱要好得多的效果，而不像常規0.25mm和0.32mm內徑毛細管柱需要專用的連接裝置。
0.32mm內徑毛細管柱。0.32mm內徑柱被認為是zui好的色譜柱，具有很好的分離能力、樣品容量（取決于膜厚度）。而且彈性較0.53mm內徑的好，更易安裝，是色譜分析中選用zui多的一種規格。這種色譜柱也可進行柱頭進樣，但需要特殊的注射器。
0.25mm內徑毛細管柱。0.25mm（早期多為0.22mm）內徑柱具有低流失量、高分辨率的特性，也是很常用的。氣相色譜-質譜聯用儀多采用此規格柱，通常在規格后標有ms字符，如表1中的DB 5 ms。
0.15mm內徑毛細管柱。0.15mm內徑是常規氣相色譜儀中50m柱的zui小內徑。就功效而言，它具有zui高的分辨率，用于分析復雜化合物和寬沸程樣品很理想。
0.10mm內徑毛細管柱。0.10mm內徑柱只在更短柱長及很高分析速度下進行應用，常用于快速色譜分析。由于柱內徑較小，所以色譜柱的負載能力也就比較小，只能夠容納較少的樣品，使用時要注意進樣量，以保證形成尖銳的色譜峰。
