由于石墨特有的耐高溫性能，在氣相色譜儀中，石墨墊主要是在進樣口和檢測器噴嘴部分，石墨墊的主要故障是漏氣和雜質。由于石墨減少導致的漏氣是重現性差的原因。
石墨中的雜質對氣相色譜儀分析結果可能有兩個方面的影響：第一，于玻璃襯管或者色譜柱入口側的連接部分原因，一般會出現鬼峰，在分流分析時，柱入口側的石墨壓環的影響較小;第二，由于柱出口側的連接部或者FID的噴嘴原因，一般出現基線漂移。
日常分析中，安裝更換新的石墨墊升溫分析中檢測出鬼峰時、基線漂移增大時，需要進行石墨墊的維護。與石墨墊的維修同樣道理，最好在使用之前維護，長時間放置之后可能會重新吸附雜質。
石墨墊的維護一般用以下兩種方法：
使用氣體噴燈的方法:將石墨墊放入噴燈的藍色火焰中，燒成赤熱1s～2s。
使用柱溫箱的方法:將石墨墊放入氣相色譜儀柱溫箱中，用400℃溫度處理2～3h。
