只要氣相色譜儀系統受到高沸點物質的污染，特別是在進樣口，就可以預料色譜性能會變差。分析人員應當進行儀器的曰常維護，包括定期更換進樣隔墊、清洗和老化進樣口內襯管等，必要時可將接于進樣口一端的毛細管色譜柱截去0.5～1m。如果依舊出現色譜性能降低和鬼峰問題，可能需要清洗進樣口的金屬表面。毛細管色譜柱是可靠并易于使用的，但是，為了保證氣相色譜儀系統有良好的分離性能，需要注意下列特定操作：
(1)毛細管柱和色譜爐壁之間的接觸可以影響色譜性能和色譜柱壽命；
(2)應當小心不使氧氣進入到毛細管柱中；
(3)只有在色譜爐冷卻后才可更換進樣隔墊；
(4)再次加熱色譜爐之前，應當先用載氣沖洗色譜柱15r/min；
(5)應當使用脫氧管除去載氣中的痕量氧氣，脫氧管應當定期更換；
(6)無論色譜爐是否在加熱，都需要有載氣流經色譜柱
