色譜儀器運行時，由于條件的變化或擾動，而引起的信號線的位置發生變化，稱為基線漂移！氣相色譜儀在使用程序升溫時常常會出現基線漂移的現象，這種現象通常有以下幾個原因：色譜柱流失、進樣墊流失、進樣器污染或檢測器污染、氣體流速的變化。如果使用高靈敏度檢測器，即便是微弱的柱流失或系統污染都可能帶來顯著的基線漂移現象。為了提高定性和定量分析的可靠性，應盡可能的降低或消除基線漂移。
那么如何判斷基線漂移問題的來源呢？方法如下：
首先把色譜柱從氣相色譜儀上取下，堵住檢測器的入口，再觀察在程序升溫時基線的漂移情況。如果基線不穩，那么污染來自檢測器（解決辦法請參考“如何降低檢測器的污染”） ；如果基線是穩定的，證明檢測器良好，此時用一小段熔融石英管把進樣器和檢測器連接起來，走一個升溫程序，觀察基線漂移情況，此時反映的是進樣器的污染情況，如果基線不穩，可以確定問題來自進樣口（解決辦法請參考“如何降低進樣器的污染” ）；如果基線穩定，證明檢測器和進樣口均未被污染，此時把柱子重新裝上，走同樣的升溫程序，來確定是不是柱子流失帶來的基線漂移。
